有向无环图go语言 有向无环图适用于什么计算

上调基因的过度表达GO术语是什么?

基因本体论Gene Ontology (GO)，提供了生物功能(“术语”)及其相互关系的逻辑结构，表现为有向无环图。

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过表达，即表达过度，当基因表达（转录）的严格控制被打乱时，基因可能不恰当被“关闭”，或以高速度进行转录。高速转录导致大量mRNA产生，大量蛋白质（protein）产物出现。

“基因过表达”：基因表达本来是受到各种内外信号的精确调控的，一旦这种调控机制的任何一个环节出现问题就会失控。

上调就是基因转录成mRNA时受到正向调控，促进表达。下调是受到抑制，表达量减少。在RNA聚合酶的催化下，以DNA为模板合成mRNA的过程称为转录（transcription）。

详解GO的层级关系在富集分析中的应用

1、根据所有富集到的GO terms， 从整个GO Graph中取出一个子图subgraph， 图中有颜色的节点为富集到的GO， 颜色的深浅有P值决定， 节点的大小由degree决定。

2、GO富集的根本问题在于一个基因对应的GO term有多个，一个term对应多个gene，同时还有层级关系。这样导致如果一个term显著富集，那和它共享很多基因的term也会显著富集。

3、GO富集分析原理简介和DAVID的GO富集分析方法操作演示 寻找差异表达的基因并挖掘它们可能的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。

4、3 GO富集分析 加载了注释库之后，读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

5、功能富集分析：功能富集需要有一个参考 数据集 ，通过该项分析可以找出在统计上显著富集的GO Term。该功能或者定位有可能与研究的目前有关。

GO数据库介绍(转载)

1、GO是用一套统一的词汇表来描述生物学中的分子功能、生物过程和细胞成分。

2、官方：基因本体（GO）知识库是有关基因功能的全球最大信息来源。 这些知识既是人类可读的，也是机器可读的，并且是生物医学研究中大规模分子生物学和遗传学实验的计算分析的基础。

3、性质不同 go是计算机编程语言。KEGG基因组破译方面的数据库。

4、对于未知基因名的序列，可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”，进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件，检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。