重庆分公司,新征程启航
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今天就跟大家聊聊有关如何进行一键批量计算ka和ks,可能很多人都不太了解,为了让大家更加了解,小编给大家总结了以下内容,希望大家根据这篇文章可以有所收获。
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ParaAT安装
1. 下载ParaAT2.0
(https://bigd.big.ac.cn/tools/paraat)
解压后,“ParaAT.pl”是运行的脚本。可以把解压后的路径加入环境变量,或者用脚本所在的绝对路径来运行也可以。
2. 安装所需的依赖工具,依赖工具需要加入环境变量
蛋白比对工具,推荐安装muscle,比对效果相对最好,比对速度快,但
KaKs_Calculator (http://bigd.big.ac.cn/tools/kaks)
准备输入文件
1. 同源基因列表,文件格式如下:
geneA1 geneA2 geneA3geneB1 geneB2 geneB3geneC1 geneC2 geneC3geneD1 geneD2 geneD3
每一行表示一组同源基因,每一列表示每个物种对应的基因。gene ID之间用tab符隔开。
2. fasta格式的蛋白序列文件和核酸序列文件,注意gene ID要与同源基因列表文件中的ID一致;
3. 多线程运行,指定线程数量的文件。
这个文件只需要写入一个数字即可,表示有多少个线程同时运行。
三种示例文件可以在解压的安装包中找到,分别是:test.homologs, test.pep, test.cds, proc
运行ParaAT
运行代码如下:
ParaAT.pl -h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc -m muscle -g -k -o result_dir
-h, 指定同源基因列表文件
-n, 指定核酸序列文件
-a, 指定蛋白序列文件
-p, 指定多线程文件
-m, 指定比对工具
-g, 去除比对有gap的密码子
-k, 用KaKs_Calculator 计算kaks值
-o, 输出结果的目录
注:
1. 如果需要用PAML,Hyphy等工具分析kaks时,ParaAT也可以生成这些工具所需的输入文件(-f 参数)
2. 如果是细菌的序列,需要设置成细菌对应的Genetic Code used (-c 11)。其他物种同理,默认的是The Standard Code (-c 1)
看完上述内容,你们对如何进行一键批量计算ka和ks有进一步的了解吗?如果还想了解更多知识或者相关内容,请关注创新互联行业资讯频道,感谢大家的支持。