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R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集

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 需求描述

已经有了100个物种进化树文件,我想从这个树文件里挑选出10个我感兴趣的物种的进化关系。

treeio这个R语言包里有一个函数drop.tip()可以实现,但是他不是直接挑选出来感兴趣的,而是去掉不感兴趣的。

 简单例子

树文件使用treeio包里带的示例文件sample.nwk

nwk<-system.file("extdata","sample.nwk",package="treeio")
library(ggtree)
tree<-read.tree(nwk)
ggtree(tree)+
 geom_text2(aes(subset=!isTip,label=node))+
 geom_tiplab()
 
R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集  

如果我只想看看A/B/C/D/E这些物种之间的关系,就可以去掉非ABCDE这些tips。使用到的是drop.tip()函数。

两个参数:第一个读进来的数;第二个参数是想要去掉的tips。

reserve_tip<-c("A","B","C","D","E")
to_drop<-tree$tip.label[-match(reserve_tip,tree$tip.label)]
to_drop
tree_reduced<-treeio::drop.tip(tree,to_drop)
ggtree(tree_reduced)+
 geom_tiplab()
 
R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集  

 将结果保存到树文件中
treeio::write.nexus(tree_reduced,file="../../tree_reduced.nex")

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