重庆分公司,新征程启航
为企业提供网站建设、域名注册、服务器等服务
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
为惠水等地区用户提供了全套网页设计制作服务,及惠水网站建设行业解决方案。主营业务为成都网站制作、成都网站设计、惠水网站设计,以传统方式定制建设网站,并提供域名空间备案等一条龙服务,秉承以专业、用心的态度为用户提供真诚的服务。我们深信只要达到每一位用户的要求,就会得到认可,从而选择与我们长期合作。这样,我们也可以走得更远!
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
echo命令 用于在shell中打印shell变量的值,或者直接输出指定的字符串。linux的echo命令,在shell编程中极为常用, 在终端下打印变量value的时候也是常常用到的,因此有必要了解下echo的用法echo命令的功能是在显示器上显示一段文字,一般起到一个提示的作用。
1.显示普通字符串:
2.显示转义字符
3.显示变量
4.显示换行
5.显示不换行
将以上命令保存在test.sh文件中,shell命令中执行:sh test.sh
6.显示结果定向至文件
7.原样输出字符串,不进行转义或去变量
8.显示命令执行结果
想了解更多内容,关注我哦~
换行符在Linux和Windows下的区别\x0d\x0a \x0d\x0a一、区别\x0d\x0a换行符:\x0d\x0a1.windows中的换行符是\r\n,\x0d\x0a2. linux/unix下的换行符是\n。\x0d\x0a其中:\x0d\x0a回车符:\r=0x0d (13) return; #回车\x0d\x0a换行符:\n=0x0a (10) newline。#换行\x0d\x0a\x0d\x0a二、文件格式互转命令\x0d\x0a1.unix2dos:将具有unix风格的格式文件转化为具有window下的格式文件。\x0d\x0a2.dos2unix:将具有windows风格的格式文件转化为unix下的格式文件。
\就能换行 并且不影响你继续写命令,
出现可以继续输入命令。
例如:apache源代码安装,
./configure --prefix=/export/apache \
--enable-modules=most \
--enable-mods-shared=all \
--enable-so \
--enable-rewrite
延展阅读:
《Linux命令行技术大全》的编写基于FedoraCore6操作系统,2.6.18内核,汇集了绝大部分命令的功能介绍、参数说明和注意事项,并针对具体应用列举了大量示例,分别详细地介绍了磁盘管理命令、文件管理、系统管理命令、网络配置命令、网络服务命令、系统应用命令、系统安全命令及其他命令,以及Shell和Shell编程,使读者真正做到学以致用。《Linux命令行技术大全》内容全面、语言简练、深入浅出、通俗易懂,既可作为即查即用的工具手册,也可作为了解Linux系统的参考书目。《Linux命令行技术大全》同样适用于其他Linux发行版,是Linux用户必备的参考用书。
《Linux命令行技术大全》适合系统管理员、开发人员和高级用户阅读。
Linux最简单基础的常用命令,掌握这些命令就可简单使用Linux系统。
Linux中的目录即为Windows中常说的文件夹,不同层级之间以 / 分隔,如 /home/cooper/Desktop/working ;而Windows采用 \ 分隔,如 C:\Users\cooper\Desktop\MyScripts 。
Linux中文件扩展名仅起标识作用,而不像Windows系统中是必备的。Linux中常见可编辑文件类型均为文本文件,可使用文本编辑器直接编辑。Windows文件的换行符采用 \r\n ,而Linux文件的换行符采用 \n ,当在Linux中无法执行Windows文件时,可尝试 dos2unix filename 转换文件的换行符。
Linux中以 . 开头命名的文件为隐藏文件,一般为配置文件或配置目录,如 ~/.bashrc 为用户的BASH配置文件, ~/.vim/ 目录存放VIM编辑器的配置文件。如果不清楚这些文件目录的含义,不要擅自修改这些隐藏文件。
绝对路径与相对路径:绝对路径是指从根目录开始的目录路径,而相对路径是指相对于当前目录的目录路径。下述所有关于目录和文件的操作均可使用绝对路径和相对路径。
Linux中文件与目录名建议以小写英文字母开始,中间可使用 _ 、 - 、 . 、穿插大小写字母及数字等方式进行分割标记。
Note :大多数情况下,如果一个目录名为'dirname',那么 dirname 与 dirname/ 均可作为目录名使用。
进入系统后,首先要进入一个目录。Linux中最常用的目录切换命令为 cd ,即change directory的缩写,其常见用法包括:
Note : cd - 只能单独使用
打印当前目录内容的命令为 ls ,即list的缩写,常见用法包括:
进入层级关系复杂的目录后,有时需要确认当前目录是否为想要进入的目录,此时可以通过打印当前目录路径进行确认。 pwd 命令,即print working directory的缩写,其使用直接在命令行键入即可。
cp 命令为拷贝或拷贝重命名,copy的缩写。 mv 命令为移动或移动重命名,move的缩写。这两个命令都支持对目录或文件的操作,常见用法如下:
Note :不论是 cp 还是 mv ,当目标文件名或目标目录名与原文件或原文件名一致时,目标文件或目标目录将会被原文件或目录覆盖。例如:
文件和目录的创建可分别使用 touch 、 mkdir 命令,常用操作如下:
Note :
rm 命令,即remove的缩写,用于删除文件或目录。常用操作如下:
Note :
Tab 键可用于命令、文件名、目录名、变量名等补全,该命令人畜无害,记不清上述名称时按 Tab ,一次不够多按几次即可。如果没有出现想要的内容,检查已键入的命令或名称。
Linux系统中难免要使用VIM编辑器进行文本编辑,最简单的使用方法为:
最简单的VIM编辑器使用就是进入编辑模式编辑,最后进入底线命令模式退出。
echo -e 'zero\nzo\nzoo'
-e 若字符串中出现以下字符,则特别加以处理,而不会将它当成一般
文字输出:
\a 发出警告声;
\b 删除前一个字符;
\c 最后不加上换行符号;
\f 换行但光标仍旧停留在原来的位置;
\n 换行且光标移至行首;
\r 光标移至行首,但不换行;
\t 插入tab;
\v 与\f相同;
\\ 插入\字符;
\nnn 插入nnn(八进制)所代表的ASCII字符;